三十年從政生涯中首嘗慘敗滋味的王金平，在得知選舉結果後，即時電賀馬英九，並公開宣布落敗，表現得落落大方。但當馬英九前往其競選總部邀請他出任第一副主席時，王金平卻驅車離去，讓馬英九吃塵，令人擔心國民黨會否再出現分裂。

追隨連戰任黨終身義工

昨晚七時許，王金平從電視看到馬英九得票突破二十萬後，自知已「回天乏力」，還未等黨中央宣布結果，便致電恭賀馬英九當選，並在半個小時後，在競選總部宣布落敗。王金平將敗選歸咎於「起步太遲，未夠努力」，但他拒絕透露會否繼續留任黨副主席，只表示將追隨連戰作國民黨的終身義工。
馬英九表示，他在王金平致電道賀時，已邀請他出任黨第一副主席，「共治黨中央」，還約他見面。但王金平只表示「後會有期」，並說要見面以後再說，他當晚會返回南部。馬英九隨即趕往王金平在台北的競選總部，希望當面游說王金平。當時，王金平已登上座駕，準備離去。馬英九走到車旁邊，輕敲車窗，說：「院長、院長」。王金平不但沒有打開車窗，還着司機驅車離去。
台灣各界對馬英九當選國民黨主席反應正面。行政院長謝長廷、民進黨主席蘇貞昌表示，希望國民黨在馬英九領導下，能成為整合意見、和解不對立的最大在野黨，理性地和民進黨競爭。親民黨希望馬英九秉持互相尊與對等精神和親民黨合作。台聯則呼籲馬英九帶領國民黨本土化。
台灣《蘋果日報》